Le conseil d’administration du Conservatoire est composé de 15 membres, soit 10 membres indépendants nommés par le gouvernement du Québec et 5 membres non indépendants, issus de la communauté du Conservatoire.
Les membres non indépendants sont composés du directeur général et du directeur des études, qui sont membres d’office, ainsi qu'un représentant des directeurs d’établissement et un représentant du corps professoral, élus par leurs pairs. Parmi les membres non indépendants se retrouve également d’office le président de la Fédération des associations étudiantes du Conservatoire.
En plus de leur participation aux activités du conseil d’administration, plusieurs membres siègent également sur les comités du conseil pour assurer un contrôle, un soutien et un suivi des diverses activités et obligations du Conservatoire.